A l'est de l'arxipèlag, precisament al cor de la mar de Filipines, en l'Oceà Pacífic, es troba l'anomenada Fossa de les Filipines, Una depressió oceànica que es destaca per sobre la resta per la seva profunditat.
També coneguda com Fossa de Mindanao, Per la seva proximitat amb la costa est de la illa de Mindanao, Aquesta fossa va néixer com a conseqüència de l' procés de subducció que passa quan dues plaques tectòniques xoquen i una se submergeix per sota de l'altra.
La fossa té una longitud de 1320 quilòmetres i una amplada proper als 30 quilòmetres, estenent des del centre de l'illa de Luzón a nord de les illes Moluques, ja a l'arxipèlag Indonesi. Al costat de la fossa hi ha la fossa de Luzón Orient, que estan separades per l'altiplà de Benham.
La Fossa de les Filipines és una de les fosses oceàniques més profundes de l'món, Aconseguint en el seu punt més profund -la profunditat de Galathea- els 10.540 metres.
Sense dubtes, Filipines té molts atractius geogràfics i aquesta enorme fossa és un d'ells, una depressió que ha estat molt estudiada per geòlegs i físics per les seves característiques.