Dos de los más importantes parques nacionales del país hacen su presencia en el departamento de la Guajira, el Santuario de Flora y Fauna los Flamencos, y el Parque Nacional Natural Macuira; convirtiendo a esta región en todo un referente de la practica del ecoturismo.
En el Santuario de Flora y Fauna los Flamencos por ejemplo, los turistas disfrutan de un terreno de lagunas costeras regadas por arroyos que abastecen las aves que precisamente le dan su nombre al lugar, los flamencos.
El Parque Nacional Natural Macuira es un verdadero oasis en medio del desierto, un ecosistema de gran biodiversidad, hogar de numerosas especies de micos, tigrillos, el gato pardo, venados, guacharacas, mirlas y azulejos entre otras.