Selvom øhavet består af mere end 7 tusind øer, kan Filippinerne grupperes i tre store grupper af øer: Luzon, Visayas-øerne og Mindanao-øerne.
Gennem dets mere end 300 tusind kilometer udvidelse er landet organiseret i disse tre store grupper, der igen samler et sæt vigtige provinser og lokaliteter, såsom Maniña eller Cebu. Til gengæld skylder hver gruppe sit navn til de vigtigste øer i hvert område, det vil sige Luzon, Visayas og MindanaoHhv.
Disse tre øer er de vigtigste centre på Filippinerne, og hvor de vigtigste byer ligger. Fra nord til syd har Mindanao omkring 20 millioner indbyggere og dens hovedstad, Davao, er en af de mest fremtrædende byer i landet. I centrum af øhavet ligger Visayas, en ø der har omkring 15 millioner indbyggere, hvoraf mange har deres hjem i Cebu, hovedstaden på øen. Endelig er der øen Luzon, hvor den ligger Manila, hovedstaden i landet såvel som Quezon City, som er den by med det højeste befolkningsindeks på Filippinerne. Denne ø, såvel som at være en hovedperson i det geografiske skema, er den mest befolkede i landet.
De forskellige regioner på Filippinerne De tilbyder et andet landskab og af stor turistinteresse, men det er de vigtigste byer i hver region, der tiltrækker mest opmærksomhed, samtidig med at de er mest besøgte af turister fra hele verden. Imellem vigtigste byer i Filippinerne de er Calambá, Laguna, Legazpi, Koronadal, Cotabato del Sur, Leyte, Cotabato, Lapu Lapu og Córdova.