Mellem 1639 og 1651 fandt en krig sted på de engelske øer, som historien kalder De tre kongeriges krig. Det handlede om en række kampe og konflikter, der fandt sted i England, Irland og Skotland kort efter at alle tre territorier var under den samme monark. Blandt disse konflikter er den mest kendte uden tvivl den engelske borgerkrig, og konflikterne fokuserede mere end noget andet på spændinger mellem kongen og sociale og religiøse spørgsmål. Var kongen en repræsentant for Gud på jorden eller ej? Kunne deres handlinger kontrolleres af et parlament? Og i den situation gjorde både Irland og Skotland oprør mod engelskmennene.
Endelig i England blev Parlamentets styrker, ledet af Oliver Cromwell. I Irland i 1641 fandt den såkaldte irske revolution sted, og i 1649 blev den Cromwel's erobring af Irland. Det vil sige erobringen af det engelske parlamentariske styrkers oprørske irske territorium. På det tidspunkt, siden det irske oprør, blev Irland kontrolleret af et katolsk forbund, der havde en underskrevet alliance med de engelske royalister, taberne af den engelske borgerkrig, er det værd at huske. Men godt, endelig besejrede Cromwells styrker irerne og besatte landet.
Der blev derefter vedtaget nogle straffelove mod katolikkerne, som var langt størstedelen af landet, og enorme mængder jord blev konfiskeret, som generelt blev distribueret til militæret, der havde deltaget i konflikterne. Cromwells styrker i Irland var virkelig brutale, og derfor er denne karakter stadig ret hadet. Ifølge nogle historikere var slagtningen sådan, at Irlands samlede befolkning faldt mellem 15 og 25%, skønt nogle siger, at halvdelen af befolkningen blev elimineret.