En anden af de vigtige kirker i Lissabon er den Saint Anthony (Igreja de Santo António de Lisboa), der er dedikeret til Sankt Antonius af Lissabon, bedre kendt i hele den kristne verden som Sankt Antonius af Padua. Ifølge traditionen blev kirken bygget det sted, hvor helgenen blev født, i 1195.
Historien fortæller, at Fernando de Bulhões, Saint Anthony, blev født i Lissabon i 1195, søn af en velhavende familie. I 1220, mens han studerede i Coimbra, trådte han ind i den franciskanske orden og vedtog navnet Antonio. Hans missionærture førte ham til Italien, hvor han bosatte sig i Padua. På grund af sin enorme popularitet blev han kanoniseret mindre end et år efter sin død i 1232.
Stedet for familiehjemmet, hvor Fernando blev født, beliggende meget tæt på Lissabon-katedralen, blev til et lille kapel i det 15. århundrede. Denne tidlige bygning, hvoraf intet er tilbage, blev genopbygget i det 16. århundrede under regeringstid af Kong Manuel I.
I 1730, under regeringstid af Johannes V, blev kirken genopbygget og indrettet. I jordskælvet i Lissabon i 1755 blev Santo António-kirken ødelagt, og kun hovedkapellet stod stadig. Det blev fuldstændig genopbygget efter 1767 til et barok-rokoko-design af arkitekten Mateus Vicente de Oliveira. Dette er kirken, der kan besøges i dag.
Siden 1755 forlader en procession kirken hver 13. juni, passerer Lissabon-katedralen og går gennem skråningerne i Alfama-kvarteret i nærheden.
Det skal bemærkes, at pave Johannes Paul II den 12. maj 1982 besøgte kirken. Derefter blev en statue af Saint Anthony (af billedhuggeren Soares Branco) indviet på pladsen foran kirken og bad i krypten, der markerer det sted, hvor helgenen blev født.
