Μεταξύ των κύριων λιμνών της Ελλάδας είναι οι λίμνες Πρέσπας, οι οποίες είναι δύο λίμνες γλυκού νερού, βόρεια του ορεινού όγκου Πίντο, η λίμνη μοιράζεται τη ροή της με τις γειτονικές χώρες της Αλβανίας, της Δημοκρατίας της Μακεδονίας και της Ελλάδας. Είναι οι υψηλότερες τεκτονικές λίμνες στα Βαλκάνια στα 853 μέτρα. Πολύ κοντά υπάρχει το Λίμνη Μικρών Πρεσπών Είναι μόνο 43 m2, και το ελάχιστο τμήμα ανήκει στην Αλβανία, το υπόλοιπο στην Ελλάδα.
El Μεγάλη Πρέσπα που είναι το μεγαλύτερο με 1.038 m2, μόνο ένα μικρό μέρος ανήκει στην Ελλάδα και ένα άλλο μικρό μέρος στην Αλβανία και το μεγαλύτερο μέρος ανήκει στην πΓΔΜ. Υπάρχουν επίσης όμορφες μικρές λίμνες ανάμεσα στα βουνά, όπως η λίμνη Καστοριά, η οποία έχει έκταση 28 km2 και το βάθος της είναι μεταξύ 9 και 10 μέτρων, μοιράζεται την επιφάνειά της με την ψηλή κοιλάδα του Aliákmon και βρίσκεται στις όχθες του η πόλη της Καστοριάς. Η λίμνη Βεγορίτιδα βρίσκεται ανάμεσα στους ορεινούς όγκους Βόρας και Βέρμιο. ο Λίμνη Δοϊράνη Είναι κατασκευασμένο από αλμυρό νερό, αλλά όταν για κάποιο λόγο δεν επικοινωνεί με τη θάλασσα, αρχίζει να είναι μια λίμνη γλυκού νερού λόγω της επικοινωνίας που έχει με τα υπόγεια ύδατα.
Στην άκρη του φαραγγιού Αώος Υπάρχουν δύο λίμνες με μόνιμα νερά, σε υψόμετρο 2.000 μέτρων, λένε ότι είναι το μυστικό των βουνών. Σε αυτές τις λίμνες ζουν οι αλπικοί Triturus, που είναι μικροί δράκοι της Ηπείρου. Ανατολικά του κόλπου του Νέστου βρίσκονται οι λίμνες Ζιστώνης. Στο στόμα του Alfiós βρίσκεται η λίμνη Aqulinitsa. Δίπλα στην πόλη του Αγρινίου βρίσκεται η λίμνη Τρικώνης, βρίσκεται ανάμεσα στα βουνά του βόρειου κόλπου της Πάτρας.