Entre los principales lagos de Grecia se encuentran los lagos Prespa, que son dos lagos de agua dulce, al norte del macizo Pindo, el lago comparte su caudal con los países vecinos de Albania, República de Macedonia, y Grecia. Son los lagos tectónicos que están a más altura en los Balcanes a 853 metros. Muy cerca de allí está el lago Mikra Prespa tiene sólo 43 m2, y la mínima parte pertenece a Albania el resto a Grecia.
El Megali Prespa que es el más grande con 1.038 m2, tan sólo una pequeña parte pertenece a Grecia y otra pequeña parte pertenece a Albania y la parte más grande pertenece a Macedonia. También hay hermosos y pequeños lagos entre las montañas como el lago Kastoría, que tiene una superficie de 28 km2, y su profundidad es entre 9 y 10 metros, comparte su superficie con el valle alto de Aliákmon, y está a orillas de la ciudad de Kastoría. El lago Vegorritis está ubicado entre los macizos Voras y Vermion. El lago Doiranis es de agua salda, pero cuando por alguna causa no se comunica con el mar, comienza a ser un lago de agua dulce por la comunicación que tiene con las aguas subterráneas.
En el borde de la barranca de Aoos hay dos lagos de aguas permanentes, a 2.000 metros de altitud, dicen que son el secreto de las montañas. En esos lagos viven los Triturus alpestres, que son pequeños dragones del Epiro. Al este del golfo de Nestos están los lagos Zistonis. En la desembocadura del Alfiós está el lago Aqulinitsa. Junto a la ciudad de Agrínion está el lago Trikhonis, está entre los montes del norte del Golfo de Patras.