Ma mintegy 90 millió ember tartja magát buddhisták Japánban. A buddhizmust Kínán és Koreán keresztül importálták Japánba a koreai Kudara (Paikche) barátság királyságának ajándéka formájában a 6. században. Bár a buddhizmust az uralkodó nemesek kedvezően fogadták Japán új államvallásaként, összetett elméletei miatt kezdetben nem terjedt el az egyszerű emberek körében.
Néhány kezdeti konfliktus is volt a sintóval, Japán őshonos vallásával. A két vallás, amelyek hamarosan egymás mellett élhettek, sőt kiegészíthették egymást. A Nara-periódus alatt a Nara fővárosában található nagy buddhista kolostorok, mint Todaiji, erős politikai befolyásra tettek szert, és ezek voltak az egyik oka annak, hogy a kormány 784-ben Nagaokába, majd 794-ben Kiotóba költöztette a fővárost.
A politikailag ambiciózus és harcos kolostorok problémája azonban továbbra is a japán történelem sok évszázada során a kormányok számára fontos kérdés. A korai Heian-korszakban két új buddhista szektát vezettek be Kínából: az Tendai szekta 805-ben Saicho és a szekta shingon 806-ban Kukai. Később több szekta elvált a Tendai szektától. Ezek közül a legfontosabbakat az alábbiakban említjük:
A 1175 a Jodo szekta (Pure Land szekta) Honen alapította. Követőket talált a különböző társadalmi osztályok között, mivel elméletei egyszerűek voltak és azon az elven alapultak, hogy mindenki képes elérni az üdvösséget az Amida Buddhában való hit erővel.
És 1191-ben a Zen szekta Kínából vezették be. Bonyolult elméletei különösen népszerűek voltak a katonai osztály tagjai körében. A zen tanításai szerint meditációval és fegyelmezettséggel érhető el az önmegvilágosodás. Ma úgy tűnik, hogy a Zen nagyobb népszerűségnek örvend külföldön, mint Japánon belül.
Van még a Nichiren szekta, amelyet Nichiren alapított 1253-ban. A szekta kivételes volt a többi buddhista szektával szembeni intolerancia hozzáállása miatt. A nichireni buddhizmusnak ma is sok millió követője van, és számos "új vallás" Nichiren tanításain alapszik.