Tra i principali laghi della Grecia ci sono i laghi Prespa, che sono due laghi d'acqua dolce, a nord del massiccio del Pindo, il lago condivide il suo flusso con i paesi vicini di Albania, Repubblica di Macedonia e Grecia. Sono i laghi tettonici più alti dei Balcani a 853 metri. Molto vicino c'è il Lago Mikra Prespa È solo 43 m2 e la parte minima appartiene all'Albania, il resto alla Grecia.
El megali prespa che è la più grande con 1.038 m2, solo una piccola parte appartiene alla Grecia e un'altra piccola parte appartiene all'Albania e la maggior parte appartiene alla Macedonia. Ci sono anche bellissimi laghetti tra le montagne come il Lago Kastoría, che ha una superficie di 28 km2, e la sua profondità è compresa tra 9 e 10 metri, condivide la sua superficie con l'alta valle di Aliákmon e si trova sulle rive del la città di Kastoria. Il lago Vegorritis si trova tra i massicci del Voras e del Vermion. Il Lago Doiranis È fatto di acqua salata, ma quando per qualche motivo non comunica con il mare, inizia ad essere un lago di acqua dolce per via della comunicazione che ha con la falda acquifera.
Sul bordo del canyon Anni ci sono due laghi con acque permanenti, a un'altitudine di 2.000 metri, dicono che sono il segreto delle montagne. In questi laghi vivono i Triturus alpini, piccoli draghi dell'Epiro. A est del Golfo di Nestos si trovano i laghi Zistonis. Alla foce dell'Alfiós si trova il lago Aqulinitsa. Accanto alla città di Agrínion si trova il lago Trikhonis, tra le montagne del nord del Golfo di Patrasso.