כיום כ -90 מיליון אנשים רואים את עצמם בודהיסטים ביפן. הבודהיזם יובא ליפן דרך סין וקוריאה בצורה של מתנה מממלכת הידידות הקוריאנית קודארה (פייצ'ה) במאה השישית. למרות שבודהיזם התקבל לטובה על ידי האצילים השולטים כדת הממלכתית החדשה של יפן, הוא לא התפשט בתחילה בקרב פשוטי העם בגלל התיאוריות המורכבות שלו.
היו גם כמה עימותים ראשוניים עם שינטו, הדת הילידית של יפן. שתי הדתות שבמהרה הצליחו להתקיים יחד, ואף משלימות זו את זו. בתקופת נארה, המנזרים הבודהיסטים הגדולים בבירת נארה, כמו טודאייג'י, קיבלו השפעה פוליטית חזקה והיו אחת הסיבות שהממשלה העבירה את הבירה לנגאוקה בשנת 784 ואז לקיוטו בשנת 794..
עם זאת, בעיית המנזרים השאפתניים והמיליטנטיים מבחינה פוליטית נותרה נושא מרכזי עבור ממשלות לאורך מאות רבות של היסטוריה יפנית. בתקופת הייאן המוקדמת הוצגו שתי כתות בודהיסטיות חדשות מסין: ה כת טנדאי בשנת 805 מאת סייצ'ו וה כַּת שינגון בשנת 806 מאת קוקאי. מאוחר יותר נפרדו כתות נוספות מכת טנדאי. בין אלה, החשובים ביותר מוזכרים להלן:
ב1175 כת ג'ודו (כת אדמה טהורה) הוקמה על ידי הונן. הוא מצא חסידים בין מעמדות חברתיים שונים שכן התיאוריות שלו היו פשוטות ומבוססות על העיקרון שכולם יכולים להשיג ישועה בכוח של אמונה בבודהא אמידה.
ובשנת 1191, כת הזן הוא הוצג מסין. התיאוריות המסובכות שלו היו פופולריות במיוחד בקרב חברי המעמד הצבאי. על פי תורת הזן, ניתן להשיג הארה עצמית באמצעות מדיטציה ומשמעת. כיום נראה שזן נהנה מפופולריות רבה יותר בחו"ל מאשר ביפן.
יש גם את כת נצ'ירן, שנוסדה על ידי ניקירן בשנת 1253. הכת הייתה יוצאת דופן בשל יחסה של חוסר סובלנות כלפי כתות בודהיסטיות אחרות. לבודהיזם של ניקירן יש עדיין מיליונים רבים של חסידים כיום, וכמה "דתות חדשות" מבוססות על תורתו של ניקירן.