En el año 1653, el patriarca Nikon ordenó la construcción de una residencia señorial, tres años después el edificio fue dedicado al Apóstol Felipe y pasó a conocerse como la Iglesia de los Doce Apóstoles. Nikon quería competir con el zar en cuanto a autoridad, moral, política y religiosa, y por eso encomendó la construcción de una imponente residencia, justo en el centro de la fortaleza (Kremlin).
La sala principal era muy espaciosa y tenía forma de cruz, se utilizaba durante las horas del día para celebrar grandes banquetes donde Nikon era la figura principal. Hoy, se utiliza como museo de artes aplicadas y es una de las más visitadas por los visitantes de la ciudad de Moscú.
Por su ubicación, la Iglesia compite en popularidad e importancia con las catedrales del siglo XV que hay a escasa distancia, sus dos arcos permiten acceder a la Plaza de la Catedral, y su techo cuenta con 5 cúpulas que representan los gustos tradicionales de Nikon, decidido a resaltar la raza bizantina de la iglesia.
En la revolución de 1917, la Iglesia de los Doce Apóstoles fue severamente dañada, debido a eso se perdieron muchos murales, pero aún hoy sigue siendo un atractivo para visitar en Moscú.