Kita svarbi Lisabonos bažnyčia yra Šventasis Antanas (Igreja de Santo António de Lisboa), kuris skirtas Lisabonos šventajam Antanui, visame krikščioniškame pasaulyje geriau žinomam kaip Šv. Antano Paduvietis. Pagal tradiciją bažnyčia buvo pastatyta toje vietoje, kur gimė šventasis, 1195 m.
Istorija byloja, kad Fernandas de Bulhõesas, šventasis Antanas, gimė Lisabonoje 1195 m., Turtingos šeimos sūnus. 1220 m., Studijuodamas Koimbroje, jis įstojo į Pranciškonų ordiną, priėmęs Antonio vardą. Misionierių kelionės nuveš jį į Italiją, kur jis apsigyveno Padujoje. Dėl didžiulio populiarumo jis buvo paskelbtas šventuoju praėjus mažiau nei metams po mirties, 1232 m.
Šeimos namo, kuriame gimė Fernando, vieta, esanti visai netoli Lisabonos katedros, XV amžiuje buvo paversta maža koplyčia. Šis ankstyvasis pastatas, iš kurio nieko neliko, buvo atstatytas XVI amžiuje, valdant karalystei. Karalius Manuelis I
1730 m., Valdant Jonui V, bažnyčia buvo atstatyta ir pertvarkyta. 1755 m. Žemės drebėjime Lisabonoje Santo António bažnyčia buvo sunaikinta ir tebestovėjo tik pagrindinė koplyčia. Po 1767 m. Jis buvo visiškai atstatytas pagal architekto Mateus Vicente de Oliveira baroko – rokoko projektą. Tai bažnyčia, kurią galima aplankyti šiandien.
Nuo 1755 m. Kiekviena birželio 13 d. Procesija palieka bažnyčią, praeina Lisabonos katedrą ir eina per šalia esančio Alfamos apylinkių šlaitus.
Pažymėtina, kad 12 m. Gegužės 1982 d. Popiežius Jonas Paulius II aplankė bažnyčią. Tada aikštėje priešais bažnyčią buvo atidengta šventojo Antano statula (skulptorius Soaresas Branco) ir meldėsi kriptoje, kuri žymi šventojo gimimo vietą.
