Satu lagi gereja penting di Lisbon adalah gereja Saint Anthony (Igreja de Santo António de Lisboa) yang didedikasikan untuk Saint Anthony of Lisbon, yang lebih dikenali di seluruh dunia Kristian sebagai Saint Anthony of Padua. Menurut tradisi, gereja itu dibina di tempat orang suci dilahirkan, pada tahun 1195.
Sejarah menceritakan bahawa Fernando de Bulhões, Saint Anthony, dilahirkan di Lisbon pada tahun 1195, anak dari keluarga kaya. Pada tahun 1220, ketika belajar di Coimbra, ia memasuki Ordo Fransiskan, dengan menggunakan nama Antonio. Perjalanan dakwahnya akan membawanya ke Itali, di mana dia menetap di Padua. Kerana popularitasnya yang sangat besar, dia dikanonisasi kurang dari setahun setelah kematiannya, pada tahun 1232.
Tapak rumah keluarga di mana Fernando dilahirkan, terletak sangat dekat dengan Katedral Lisbon, dijadikan sebuah kapel kecil pada abad ke 15. Bangunan awal ini, yang tidak ada yang tersisa, dibina semula pada abad ke-16, semasa pemerintahan Raja Manuel I.
Pada tahun 1730, di bawah pemerintahan John V, gereja itu dibina semula dan dihiasi semula. Dalam gempa bumi Lisbon pada tahun 1755, gereja Santo António musnah, dan hanya kapel utama yang masih berdiri. Ia dibina sepenuhnya selepas tahun 1767 dengan reka bentuk Baroque-Rococo oleh arkitek Mateus Vicente de Oliveira. Inilah gereja yang boleh dikunjungi hari ini.
Sejak tahun 1755 perarakan meninggalkan gereja setiap 13 Jun, melewati Katedral Lisbon dan melewati lereng kejiranan Alfama, di sekitarnya.
Harus diingat bahawa pada 12 Mei 1982, Paus John Paul II mengunjungi gereja tersebut. Kemudian patung Saint Anthony (oleh pemahat Soares Branco) diresmikan di alun-alun di depan gereja dan berdoa di ruang bawah tanah, yang menandakan tempat di mana orang suci itu dilahirkan.
