El Kuil Shinto Ini adalah struktur yang tujuan utamanya digunakan untuk menjaga benda suci, dan bukan untuk pemujaan. Walaupun hanya satu perkataan ("kuil") digunakan dalam bahasa Inggeris, dalam bahasa Jepun, kuil Shinto dapat membawa kepada banyak istilah yang tidak sama, seperti gongen, -gu, jinja, Jingu, mori, Myojin, Taisha, ubisuna atau Yashiro.
Secara struktural, tempat perlindungan umumnya dicirikan oleh kehadiran a Honden atau tempat perlindungan, di mana Kami. Honden, bagaimanapun, dapat benar-benar tidak ada, seperti misalnya, ketika tempat kudus terletak di gunung suci yang didedikasikannya, dan yang langsung disembah.
Burung honden juga mungkin hilang ketika struktur altar tidak berdekatan, disebut himorogi atau objek yang dipercayai mampu menarik roh yang disebut yorishiro yang dapat berfungsi sebagai penghubung yang lebih langsung ke kami. Mungkin ada haiden dan struktur lain.
Penjual barang antik miniatur dijilat hokora sesekali yang boleh dijumpai di tepi jalan. Kuil Besar kadang-kadang mempunyai kuil miniatur yang disebut sessha atau massha di dalam kandangnya. Kuil-kuil mudah alih yang dibawa oleh orang-orang beriman di tiang-tiang semasa perayaan (matsuri) dan mikoshi disebut sebenarnya menahbiskan kami dan oleh itu kuil-kuil tertentu.