Blant de viktigste innsjøene i Hellas er Prespa-innsjøene, som er to ferskvannssjøer, nord for Pindo-massivet, og innsjøen deler strømmen med nabolandene Albania, Makedonia og Hellas. De er de høyeste tektoniske innsjøene på Balkan på 853 meter. Svært nær det er Mikra Prespa innsjø Det er bare 43 m2, og minimumsdelen tilhører Albania, resten til Hellas.
El megali prespa som er den største med 1.038 m2, bare en liten del tilhører Hellas og en annen liten del tilhører Albania og den største delen tilhører Makedonia. Det er også vakre små innsjøer mellom fjellene som Kastoría-sjøen, som har et område på 28 km2, og dybden er mellom 9 og 10 meter, deler overflaten med den høye dalen Aliákmon, og ligger ved bredden av byen Kastoria. Lake Vegorritis ligger mellom massene i Voras og Vermion. De Doiranis innsjø Den er laget av salt vann, men når det av en eller annen grunn ikke kommuniserer med havet, begynner det å være en innsjø med ferskvann på grunn av kommunikasjonen den har med grunnvann.
På kanten av kløften År det er to innsjøer med permanent vann, i 2.000 meters høyde, de sier at de er hemmeligheten til fjellene. I disse innsjøene bor alpine Triturus, som er små drager av Epirus. Øst for Nestosbukta ligger Zistonis Lakes. Ved munningen av Alfiós ligger innsjøen Aqulinitsa. Ved siden av byen Agrínion ligger Lake Trikhonis, den ligger mellom fjellene nord for Patrasbukten.