Mellom 1639 og 1651 fant det sted en krig på de engelske øyene som historien kaller War of the Three Kingdoms. Det handlet om en serie kamper og konflikter som fant sted i England, Irland og Skottland kort tid etter at alle tre territoriene kom under den samme monarken. Blant disse konfliktene er den mest kjente utvilsomt den engelske borgerkrigen, og konfliktene fokuserte mer enn noe på spenninger mellom kongen og sosiale og religiøse spørsmål. Var kongen en representant for Gud på jorden eller ikke? Kan deres handlinger kontrolleres av et parlament? Og i den situasjonen gjorde både Irland og Skottland opprør mot engelskmennene.
Endelig i England ble styrene i parlamentet, ledet av Oliver Cromwell. I Irland i 1641 fant den såkalte irske revolusjonen sted og i 1649 ble den Cromwel erobring av Irland. Det vil si erobringen av opprørsk irsk territorium av de engelske parlamentariske styrkene. Da, siden det irske opprøret, ble Irland kontrollert av en katolsk konføderasjon som hadde en signert allianse med de engelske royalistene, taperne av den engelske borgerkrigen, er det verdt å huske. Men vel, til slutt beseiret Cromwells styrker irene og okkuperte landet.
Noen straffelover ble deretter vedtatt mot katolikkene, som var det store flertallet av landet, og enorme mengder land ble konfiskert, som generelt ble distribuert til militæret som hadde deltatt i konfliktene. Cromwells styrker i Irland var virkelig brutale, og det er grunnen til at denne karakteren fortsatt er ganske hatet. Ifølge noen historikere var slaktingen slik at den totale befolkningen i Irland falt mellom 15 og 25%, selv om noen sier at halvparten av befolkningen ble eliminert.