El Shinto-helligdommen Det er en struktur hvis hovedformål brukes til forvaring av hellige gjenstander, og ikke til tilbedelse. Selv om bare ett ord ("helligdom") brukes på engelsk, kan shinto-helligdommer på japansk føre til noen av mange forskjellige, ikke-ekvivalente termer, slik som gongen, -gu, jinja, Jingu, mori, Myojin, Taisha, ubisuna eller Yashiro.
Strukturelt er et helligdom generelt preget av tilstedeværelsen av en hunder eller helligdom, der kami. Honden kan imidlertid være helt fraværende, som for eksempel når helligdommen ligger på et hellig fjell som det er viet til, og som tilbedes direkte.
Honden kan også mangle når alterstrukturer ikke er i nærheten, kalt himorogi eller gjenstander som antas å være i stand til å tiltrekke seg ånder kalt yorishiro som kan tjene som en mer direkte kobling til en kami. Det kan være en hudfarge og andre strukturer.
Miniatyrantikhandlere blir slikket hokora av og til som kan bli funnet på siden av gatene. Store helligdommer har noen ganger miniatyrhelligdommer kalt sessha eller massha i sine innhegninger. De bærbare helligdommene som ble båret av troende på polene under festivaler (matsuri) og mikoshi, kalte faktisk å innvie en kami og derfor visse helligdommer.