Wśród głównych jezior Grecji są jeziora Prespa, które są dwoma jeziorami słodkowodnymi, na północ od masywu Pindo, jezioro dzieli swój przepływ z sąsiednimi krajami Albanią, Republiką Macedonii i Grecją. Są to najwyższe jeziora tektoniczne na Bałkanach o wysokości 853 metrów. Bardzo blisko jest Jezioro Mikra Prespa Ma tylko 43 m2, a minimalna część należy do Albanii, reszta do Grecji.
El megali prespa która jest największa z 1.038 m2, tylko niewielka część należy do Grecji, a druga do Albanii, a największa do Macedonii. Między górami znajdują się również piękne małe jeziora, takie jak jezioro Kastoria, które ma powierzchnię 28 km2, a jego głębokość wynosi od 9 do 10 metrów, dzieli powierzchnię z wysoką doliną Aliákmon i znajduje się nad brzegiem miasto Kastoria. Jezioro Vegorritis znajduje się pomiędzy masywami Voras i Vermion. Plik Jezioro Doiranis Jest zrobione ze słonej wody, ale gdy z jakiegoś powodu nie komunikuje się z morzem, ze względu na komunikację z wodami gruntowymi staje się jeziorem słodkowodnym.
Na skraju kanionu Lata są dwa jeziora ze stałymi wodami, na wysokości 2.000 metrów, mówią, że są tajemnicą gór. W tych jeziorach żyją alpejskie Triturus, czyli małe smoki Epiru. Na wschód od Zatoki Nestos znajdują się Jeziora Zistonis. U ujścia Alfiós znajduje się jezioro Aqulinitsa. Obok miasta Agrínion znajduje się jezioro Trikhonis, między górami na północ od Zatoki Patras.