Innym ważnym kościołem Lizbony jest kościół Święty Antoni (Igreja de Santo António de Lisboa), która jest poświęcona św. Antoniemu z Lizbony, bardziej znanemu w całym świecie chrześcijańskim jako św. Antoni z Padwy. Według tradycji kościół powstał w miejscu urodzenia świętego w 1195 roku.
Historia mówi, że Fernando de Bulhões, święty Antoni, urodził się w Lizbonie w 1195 roku, jako syn zamożnej rodziny. W 1220 roku podczas studiów w Coimbrze wstąpił do zakonu franciszkanów, przyjmując imię Antonio. Jego podróże misyjne zaprowadziły go do Włoch, gdzie osiadł w Padwie. Ze względu na ogromną popularność został kanonizowany niecały rok po śmierci, w 1232 roku.
Miejsce rodzinnego domu, w którym urodził się Fernando, położone bardzo blisko katedry lizbońskiej, zostało przekształcone w małą kaplicę w XV w. Ten wczesny budynek, z którego nic nie pozostało, został odbudowany w XVI wieku za panowania Król Manuel I.
W 1730 r. Za panowania Jana V kościół odbudowano i wyremontowano. Podczas trzęsienia ziemi w Lizbonie w 1755 roku kościół Santo António został zniszczony, a pozostała tylko główna kaplica. Po 1767 roku został całkowicie przebudowany na barokowo-rokokowy projekt architekta Mateusa Vicente de Oliveira. To kościół, który można dziś zwiedzać.
Od 1755 roku co roku 13 czerwca z kościoła opuszcza się procesja, mija katedrę lizbońską i przechodzi przez pobliskie zbocza dzielnicy Alfama.
Należy zaznaczyć, że 12 maja 1982 r. Kościół odwiedził papież Jan Paweł II. Następnie na placu przed kościołem zainaugurowano figurę świętego Antoniego (autorstwa rzeźbiarza Soaresa Branco) i modlono się w krypcie, która wyznacza miejsce narodzin świętego.
