Otra de las importantes iglesias de Lisboa es la de Santo Antonio ( Igreja de Santo António de Lisboa) que está dedicada a San Antonio de Lisboa, más conocido en todo el mundo cristiano como San Antonio de Padua. Según la tradición, la iglesia fue construida en el lugar donde nació el santo, en 1195.
La historia relata que Fernando de Bulhões , San Antonio, nació en Lisboa en 1195, hijo de una familia acomodada. En 1220, mientras estudiaba en Coimbra, entró en la Orden Franciscana, adoptando el nombre de Antonio. Sus viajes misioneros lo llevaría a Italia, donde se estableció en Padua. Debido a su inmensa popularidad, fue canonizado menos de un año después de su muerte, en 1232.
El sitio de la casa familiar donde nació Fernando, ubicado muy cerca de la Catedral de Lisboa, se convirtió en una pequeña capilla en el siglo 15. Este edificio de principios, de la que no queda nada, fue reconstruida en el siglo 16, durante el reinado del rey Manuel I.
En 1730, bajo el reinado de Juan V, la iglesia fue reconstruida y redecorada. En el terremoto de Lisboa de 1755 la iglesia Santo António fue destruido, y sólo la capilla mayor en pie. Fue reconstruida completamente después de 1767 a un diseño de estilo barroco-rococó por el arquitecto Mateus Vicente de Oliveira. Esta es la iglesia que se puede visitar hoy en día.
Desde 1755 una procesión sale de la iglesia todos los 13 de junio, pasa por la Catedral de Lisboa y pasa por las laderas del barrio de Alfama, en las inmediaciones.
Cabe destscar que el 12 de mayo de 1982, el Papa Juan Pablo II visitó la iglesia. Luego se inauguró una estatua de San Antonio (por el escultor Soares Branco) en la plaza que está enfrente de la iglesia y rezó en la cripta, que marca el lugar donde nació el santo.
