Dois dos parques nacionais mais importantes do país marcam presença no departamento de guajira, o Santuário de Flora e Fauna Los FlamencosE o Parque Nacional Natural da Macuira; tornando esta região uma referência para a prática do ecoturismo.
No Santuário de Flora e Fauna Los Flamencos por exemplo, os turistas desfrutam de uma terra de lagoas costeiras regadas por riachos que abastecem os pássaros que justamente dão nome ao lugar, os flamingos.
El Parque Nacional Natural da Macuira É um verdadeiro oásis no meio do deserto, um ecossistema de grande biodiversidade, lar de inúmeras espécies de macacos, tigrillos, o gato pardo, veados, guacharacas, melros e pássaros azuis, entre outros.