Astăzi, aproximativ 90 de milioane de oameni se consideră budiştii in Japonia. Budismul a fost importat în Japonia prin China și Coreea sub forma unui cadou din regatul coreean de prietenie Kudara (Paikche) în secolul al VI-lea. Deși budismul a fost primit în mod favorabil de către nobilii conducători ca fiind noua religie de stat a Japoniei, nu s-a răspândit inițial în rândul oamenilor de rând, datorită teoriilor sale complexe.
Au existat și câteva conflicte inițiale cu Shinto, religia nativă a Japoniei. Cele două religii care au putut în curând să coexiste și chiar să se completeze reciproc. În perioada Nara, marile mănăstiri budiste din capitala Nara, precum Todaiji, au câștigat o puternică influență politică și au fost unul dintre motivele pentru care guvernul a mutat capitala la Nagaoka în 784 și apoi la Kyoto în 794..
Cu toate acestea, problema mănăstirilor politice ambițioase și militante rămâne o problemă majoră pentru guverne de-a lungul multor secole de istorie japoneză. În perioada Heian timpurie, două noi secte budiste au fost introduse din China: Tendai sect în anul 805 de către Saicho și sectă shingon în 806 de Kukai. Mai multe secte s-au despărțit mai târziu de secta Tendai. Dintre acestea, cele mai importante sunt menționate mai jos:
În 1175 Secta Jodo (Secta Pământului Pur) a fost fondată de Honen. El a găsit adepți printre diferitele clase sociale, deoarece teoriile sale erau simple și bazate pe principiul că toată lumea poate obține mântuirea prin forța credinței în Buddha Amida.
Și în 1191, Secta Zen A fost introdus din China. Teoriile sale complicate erau deosebit de populare printre membrii clasei militare. Conform învățăturilor Zen, se poate obține auto-iluminarea prin meditație și disciplină. Astăzi, Zen pare să se bucure de o popularitate mai mare în străinătate decât în Japonia.
Există, de asemenea, Secta Nichiren, fondată de Nichiren în 1253. Secta a fost excepțională datorită atitudinii sale de intoleranță față de alte secte budiste. Budismul Nichiren are încă multe milioane de adepți astăzi și mai multe „noi religii” se bazează pe învățăturile lui Nichiren.