Dnes sa za seba považuje asi 90 miliónov ľudí budhisti v Japonsku. Budhizmus bol do Japonska dovážaný cez Čínu a Kóreu vo forme daru od kórejského kráľovstva priateľstva Kudara (Paikche) v 6. storočí. Aj keď boli budhizmus vládnucimi šľachticmi priaznivo prijatý ako nové štátne náboženstvo Japonska, zo začiatku sa medzi zložitými teóriami nerozšíril.
Došlo tiež k počiatočným konfliktom so šintoizmom, pôvodným náboženstvom Japonska. Dve náboženstvá, ktoré boli čoskoro schopné koexistovať a dokonca sa navzájom dopĺňať. Počas obdobia Nara získali veľké budhistické kláštory v hlavnom meste Nara, ako napríklad Todaiji, silný politický vplyv a boli jedným z dôvodov, prečo vláda presunula hlavné mesto do Nagaoky v roku 784 a potom do Kjóta v roku 794.
Problém politicky ambicióznych a militantných kláštorov však zostáva pre vlády dôležitým problémom počas mnohých storočí japonskej histórie. Počas raného obdobia Heian boli z Číny zavedené dve nové budhistické sekty: Sekta Tendai v roku 805 Saicho a sekta Shingon v roku 806 Kukai. Viac sekt sa neskôr rozišlo so sektou Tendai. Z nich sú najdôležitejšie spomenuté nižšie:
En 1175, Sekta džodo (Sekt Pure Land) založil Honen. Našiel nasledovníkov medzi rôznymi spoločenskými triedami, pretože jeho teórie boli jednoduché a založené na princípe, že každý môže dosiahnuť spásu silou viery v Amidu Budhu.
A v roku 1191 sa Zenová sekta Bol predstavený z Číny. Jeho komplikované teórie boli obľúbené najmä u príslušníkov vojenskej triedy. Podľa zenových učení môže človek dosiahnuť sebaosvietenie meditáciou a disciplínou. Zdá sa, že dnes sa Zen teší väčšej popularite v zahraničí ako v Japonsku.
K dispozícii je tiež Sekta Nichiren, založená Nichirenom v roku 1253. Sekta bola výnimočná svojím postojom intolerancie k iným budhistickým sektám. Nichirenský budhizmus má dodnes mnoho miliónov nasledovníkov a niekoľko „nových náboženstiev“ vychádza z Nichirenovho učenia.