Danes se šteje za približno 90 milijonov ljudi budisti na Japonskem. Na Japonsko je bil budizem uvožen prek Kitajske in Koreje v obliki darila korejskega kraljestva prijateljstva Kudara (Paikche) v 6. stoletju. Vladajoči plemiči so budizem sicer naklonili novi državni religiji Japonske, vendar se zaradi zapletenih teorij sprva ni razširil med navadne ljudi.
Nekaj začetnih sporov je bilo tudi s šintoizmom, domačo religijo Japonske. Dve religiji, ki sta kmalu lahko sobivali in se celo dopolnjevali. V obdobju Nara so veliki budistični samostani v prestolnici Nare, kot je Todaiji, pridobili močan politični vpliv in so bili eden od razlogov, da je vlada prestolnico preselila v Nagaoko leta 784 in nato v Kjoto leta 794..
Vendar problem politično ambicioznih in militantnih samostanov ostaja glavno vprašanje vlad v mnogih stoletjih japonske zgodovine. V zgodnjem heian obdobju sta bili s Kitajske uvedeni dve novi budistični sekti: Tendajeva sekta leta 805 Saicho in sekta šingon leta 806 Kukai. Kasneje se je več sekt ločilo od sekte Tendai. Med njimi so spodaj navedeni najpomembnejši:
1175 v Jodo sekta (Sekta Pure Land) je ustanovil Honen. Privržence je našel med različnimi družbenimi sloji, saj so bile njegove teorije preproste in temeljijo na načelu, da lahko vsak doseže odrešitev s silo verovanja v Amido Budo.
In leta 1191 je Zen sekta Predstavljen je bil s Kitajske. Njegove zapletene teorije so bile še posebej priljubljene pri pripadnikih vojaškega razreda. Po zenovskih naukih lahko dosežemo samorazsvetljenje z meditacijo in disciplino. Danes se zdi, da Zen uživa večjo priljubljenost v tujini kot na Japonskem.
Obstaja tudi Nichiren sekta, ki jo je ustanovil Nichiren leta 1253. Sekta je bila izjemna zaradi odnosa do nestrpnosti do drugih budističnih sekt. Nichiren-budizem ima še danes veliko milijonov privržencev, več "novih religij" pa temelji na Nichirenovih naukih.