Ndër liqenet kryesore të Greqisë janë liqenet e Prespës, të cilat janë dy liqene me ujë të ëmbël, në veri të masivit Pindo, liqeni ndan rrjedhën e tij me vendet fqinje të Shqipërisë, Republikës së Maqedonisë dhe Greqisë. Ato janë liqenet tektonike më të larta në Ballkan me 853 metra. Shumë afër ka Liqeni Mikra Prespa Isshtë vetëm 43 m2, dhe pjesa minimale i përket Shqipërisë, pjesa tjetër Greqisë.
El megali prespa e cila është më e madhja me 1.038 m2, vetëm një pjesë e vogël i përket Greqisë dhe një pjesë tjetër e vogël i përket Shqipërisë dhe pjesa më e madhe i takon Maqedonisë. Ka edhe liqene të vogla të bukura midis maleve të tilla si Liqeni Kastoría, i cili ka një sipërfaqe prej 28 km2, dhe thellësia e tij është midis 9 dhe 10 metra, ndan sipërfaqen e saj me luginën e lartë të Aliákmon, dhe është në brigjet e qyteti i Kastoria. Liqeni Vegorritis ndodhet midis masiveve Voras dhe Vermion. Liqeni Doiranis Isshtë bërë me ujë të kripur, por kur për ndonjë arsye nuk komunikon me detin, fillon të jetë një liqen me ujë të freskët për shkak të komunikimit që ka me ujërat nëntokësore.
Në buzë të kanionit Vite ka dy liqene me ujëra të përhershëm, në një lartësi prej 2.000 metrash, ata thonë se janë sekreti i maleve. Në këto liqene jetojnë Triturusi alpin, të cilët janë dragonj të vegjël të Epirit. Në Lindje të Gjirit të Nestos janë Liqenet e Zistonis. Në grykën e Alfiós është Liqeni Aqulinitsa. Pranë qytetit të Agrínion është Liqeni Trikhonis, është midis maleve të veriut të Gjirit të Patras.