Një tjetër prej kishave të rëndësishme të Lisbonës është ajo e Shën Antonit (Igreja de Santo António de Lisboa) e cila i kushtohet Shën Antonit të Lisbonës, i njohur më mirë në të gjithë botën e krishterë si Shën Antoni i Padovës. Sipas traditës, kisha u ndërtua në vendin ku lindi shenjtori, në 1195.
Historia tregon se Fernando de Bulhões, Saint Anthony, lindi në Lisbonë në 1195, djali i një familje të pasur. Në 1220, ndërsa studionte në Coimbra, ai hyri në Urdhrin Françeskan, duke adoptuar emrin e Antonio. Udhëtimet e tij misionare do ta çonin në Itali, ku u vendos në Padova. Për shkak të popullaritetit të tij të jashtëzakonshëm, ai u shenjtërua më pak se një vit pas vdekjes së tij, në 1232.
Vendi i shtëpisë familjare ku lindi Fernando, i vendosur shumë afër Katedrales së Lisbonës, u shndërrua në një kishëz të vogël në shekullin e 15. Kjo ndërtesë e hershme, nga e cila nuk mbetet asgjë, u rindërtua në shekullin e 16-të, gjatë mbretërimit të Mbreti Manuel I.
Në 1730, nën sundimin e Gjon V, kisha u rindërtua dhe u rindërtua. Në tërmetin e Lisbonës të vitit 1755 kisha Santo António u shkatërrua dhe vetëm kapela kryesore ende qëndronte. Ajo u rindërtua plotësisht pas vitit 1767 në një model Barok-Rokoko nga arkitekti Mateus Vicente de Oliveira. Kjo është kisha që mund të vizitohet sot.
Që nga viti 1755 një procesion largohet nga kisha çdo 13 qershor, kalon Katedralen e Lisbonës dhe kalon nëpër shpatet e lagjes Alfama, në afërsi.
Duhet të theksohet se më 12 maj 1982, Papa Gjon Pali II vizitoi kishën. Pastaj një statujë e Shën Antonit (nga skulptori Soares Branco) u përurua në sheshin para kishës dhe u lut në kriptë, e cila shënon vendin ku lindi shenjtori.
