Данас себе сматра око 90 милиона људи будисти у Јапану. Будизам је у Јапан увезен преко Кине и Кореје у виду поклона корејског краљевства пријатељства Кудара (Паикцхе) у 6. веку. Иако су владајући племићи будизам благонаклоно прихватили као нову државну религију Јапана, он се у почетку није проширио међу обичним народом због својих сложених теорија.
Било је и неких почетних сукоба са шинтоизмом, матичном религијом Јапана. Две религије које су ускоро могле коегзистирати, па чак и допуњавати се. Током периода Нара, велики будистички манастири у главном граду Наре, попут Тодаијија, стекли су снажан политички утицај и били су један од разлога да влада пребаци главни град у Нагаоку 784. године, а затим у Кјото 794. године.
Међутим, проблем политички амбициозних и милитантних манастира остаје главно питање влада током многих векова јапанске историје. Током раног хеиан периода из Кине су уведене две нове будистичке секте: Тендаи секта године 805. Саицхо анд тхе секта Схингон 806. године Кукаи. Више секти се касније раздвојило од секте Тендаи. Међу њима су најважнији наведени у наставку:
1175. године Јодо секта (Секта Чиста земља) основао је Хонен. Следбенике је пронашао међу различитим друштвеним класама, јер су његове теорије биле једноставне и засноване на принципу да свако може постићи спас силом верујући у Амидину Буду.
А 1191. године Зен секта Уведен је из Кине. Његове компликоване теорије биле су посебно популарне међу припадницима војне класе. Према зенским учењима, самопросветљење се може постићи медитацијом и дисциплином. Данас изгледа да Зен ужива већу популарност у иностранству него у Јапану.
Ту је и Секта Ничирен, коју је основао Ничирен 1253. године. Секта је била изузетна због свог става нетрпељивости према другим будистичким сектама. Ничирен будизам и данас има много милиона следбеника, а неколико „нових религија“ засновано је на Ничиреновим учењима.