Друга важна црква у Лисабону је црква Свети Антоније (Игреја де Санто Антонио де Лисбоа) која је посвећена светом Антонију Лисабонском, познатијем широм хришћанског света као Свети Антоније Падовански. Према предању, црква је саграђена на месту где је светац рођен, 1195. године.
Историја говори да је Фернандо де Булхоес, свети Антоније, рођен у Лисабону 1195. године, син богате породице. 1220. године, док је студирао у Коимбри, ушао је у фрањевачки ред, усвојивши име Антонио. Његова мисионарска путовања водила би га у Италију, где се настанио у Падови. Због огромне популарности, канонизован је мање од годину дана након смрти, 1232. године.
Место породичне куће у којој је Фернандо рођен, смештено у непосредној близини Лисабонске катедрале, претворено је у малу капелу у 15. веку.Ова рана зграда, од које ништа није остало, обновљена је у 16. веку, за време владавине Краљ Мануел И.
1730. године, за владавине Јована В, црква је обновљена и преуређена. У Лисабонском земљотресу 1755. године црква Санто Антонио је уништена, а само је главна капела и даље стајала. Потпуно је обновљен после 1767. године по барокно-рококо пројекту архитекте Матеуса Вицентеа де Оливеире. Ово је црква коју данас можемо посетити.
Од 1755. поворка напушта цркву сваког 13. јуна, пролази поред Лисабонске катедрале и пролази обронцима четврти Алфама, у близини.
Треба напоменути да је 12. маја 1982. године цркву посетио папа Јован Павле ИИ. Тада је на тргу испред цркве свечано отворена статуа Светог Антонија (вајара Соареса Бранка) која се молила у крипти која означава место где је светац рођен.
