En annan av de viktiga kyrkorna i Lissabon är den Saint Anthony (Igreja de Santo António de Lisboa) som är tillägnad Sankt Antonius av Lissabon, bättre känd i hela den kristna världen som Sankt Antonius av Padua. Enligt traditionen byggdes kyrkan på platsen där helgonet föddes 1195.
Historien berättar att Fernando de Bulhões, Saint Anthony, föddes i Lissabon 1195, son till en rik familj. År 1220, när han studerade i Coimbra, gick han in i franciskanordern och antog namnet Antonio. Hans missionärsresor skulle ta honom till Italien, där han bosatte sig i Padua. På grund av sin enorma popularitet kanoniserades han mindre än ett år efter sin död, 1232.
Platsen för familjehemmet där Fernando föddes, beläget mycket nära Lissabon-katedralen, förvandlades till ett litet kapell på 15-talet. Denna tidiga byggnad, av vilken ingenting återstår, byggdes om på 16-talet, under Kung Manuel I.
1730, under regeringen av Johannes V, byggdes kyrkan om och ombyggdes. I jordbävningen i Lissabon 1755 förstördes Santo António-kyrkan, och endast huvudkapellet stod fortfarande. Det byggdes helt om efter 1767 till en barock-rokoko-design av arkitekten Mateus Vicente de Oliveira. Det här är kyrkan som kan besökas idag.
Sedan 1755 lämnar en procession kyrkan varje 13 juni, passerar katedralen i Lissabon och passerar genom sluttningarna av Alfama-området, i närheten.
Det bör noteras att den 12 maj 1982 besökte påven Johannes Paul II kyrkan. Sedan invigdes en staty av Saint Anthony (av skulptören Soares Branco) på torget framför kyrkan och bad i krypten, som markerar platsen där helgonet föddes.
