Ngayon ilang 90 milyong mga tao ang isinasaalang-alang ang kanilang mga sarili buddhists sa Japan. Ang Budismo ay na-import sa Japan sa pamamagitan ng Tsina at Korea sa anyo ng isang regalo mula sa kaharian ng Korea ng pagkakaibigan na si Kudara (Paikche) noong ika-6 na siglo. Bagaman ang Buddhism ay pinakitang tinanggap ng mga naghaharing maharlika bilang bagong relihiyon ng estado ng Japan, hindi ito, sa una ay kumalat sa mga karaniwang tao, dahil sa mga kumplikadong teorya nito.
Mayroon ding ilang mga paunang tunggalian sa Shinto, ang katutubong relihiyon ng Japan. Ang dalawang relihiyon na malapit nang makapag-isahan, at umakma pa sa bawat isa. Sa Panahon ng Nara, ang mga dakilang Buddhist monasteryo sa kabisera ng Nara, tulad ng Todaiji, ay nakakuha ng malakas na impluwensyang pampulitika at isa sa mga dahilan para ilipat ng gobyerno ang kabisera sa Nagaoka noong 784 at pagkatapos ay sa Kyoto noong 794..
Gayunpaman, ang problema ng pampulitika at militanteng mga monasteryo ay nananatiling isang pangunahing isyu para sa mga gobyerno sa buong daang siglo ng kasaysayan ng Hapon. Noong unang bahagi ng Heian, dalawang bagong sekta ng Budismo ang ipinakilala mula sa Tsina: ang Sekta ng tendai sa taong 805 ni Saicho at ng sekta shingon noong 806 ni Kukai. Mas maraming mga sekta ang naghiwalay ng kalaunan sa sektang Tendai. Kabilang sa mga ito, ang pinakamahalaga ay nabanggit sa ibaba:
Sa 1175 ang Sekta ni Jodo (Pure sect Land) ay itinatag ni Honen. Natagpuan niya ang mga tagasunod sa iba't ibang mga klase sa lipunan dahil ang kanyang mga teorya ay simple at batay sa prinsipyo na ang bawat isa ay makakamit ang kaligtasan sa pamamagitan ng lakas ng paniniwala sa Amida Buddha.
At noong 1191, ang Sekta ng Zen Ipinakilala ito mula sa Tsina. Ang kanyang mga kumplikadong teorya ay lalo na popular sa mga miyembro ng klase ng militar. Ayon sa mga aral ni Zen, makakamit ng isang tao ang pag-iilaw sa sarili sa pamamagitan ng pagninilay at disiplina. Ngayon, tila nasisiyahan si Zen ng higit na kasikatan sa ibang bansa kaysa sa loob ng Japan.
Mayroon ding mga Sekta ng Nichiren, itinatag ni Nichiren noong 1253. Ang sekta ay pambihira dahil sa pag-uugali ng hindi pagpayag sa ibang mga sekta ng Budismo. Ang Nichiren Buddhism ay mayroon pa ring milyun-milyong mga tagasunod ngayon, at maraming mga "bagong relihiyon" ay batay sa mga turo ni Nichiren.