Серед основних озер Греції - Преспанські озера, які є двома прісноводними озерами, на північ від масиву Піндо, озеро ділиться своїм потоком із сусідніми країнами Албанії, Республіки Македонія та Греції. Вони є найвищими тектонічними озерами на Балканах - 853 метри. Зовсім поруч є Озеро Мікра Преспа Це всього 43 м2, і мінімальна частина належить Албанії, решта Греції.
El Мегалі Преспа яка є найбільшою з 1.038 м2, лише невелика частина належить Греції, інша невелика частина належить Албанії, а найбільша частина належить Македонії. Між горами є також красиві невеликі озера, такі як озеро Касторія, яке має площу 28 км2, а його глибина становить від 9 до 10 метрів, ділиться своєю поверхнею з високою долиною Аліакмон і знаходиться на березі місто Касторія. Озеро Вегоррітіс розташоване між масивами Ворас і Верміон. Озеро Дойраніс Він виготовлений із солоної води, але коли з якихось причин він не зв’язується з морем, він починає бути озером прісної води завдяки зв’язку, який він має з підземними водами.
На краю каньйону Аоос є дві озера з постійними водами, на висоті 2.000 метрів, кажуть, що вони є секретом гір. У цих озерах живуть альпійські Тритури, які є маленькими драконами Епіру. На схід від затоки Нестос розташовані озера Зістоніс. В гирлі Альфіосу знаходиться озеро Акуліниця. Поруч з містом Агрініон знаходиться озеро Тріхоніс, воно знаходиться між горами на півночі Патраської затоки.