Među glavnim jezerima Grčke su Prespanska jezera, koja su dva slatkovodna jezera, sjeverno od masiva Pindo, jezero dijeli svoj tok sa susjednim zemljama Albanijom, Republikom Makedonijom i Grčkom. To su najviša tektonska jezera na Balkanu sa 853 metra. Vrlo blizu je Mikra Prespansko jezero To je samo 43 m2, a minimalni dio pripada Albaniji, ostatak Grčkoj.
El megali prespa koji je najveći sa 1.038 m2, samo mali dio pripada Grčkoj, drugi manji dio pripada Albaniji, a najveći dio pripada Makedoniji. Između planina postoje i prekrasna mala jezera, poput jezera Kastoría, koje ima površinu od 28 km2, a njegova dubina je između 9 i 10 metara, dijeli površinu s visokom dolinom Aliákmon i nalazi se na obali grad Kastoria. Jezero Vegorritis nalazi se između masiva Voras i Vermion. The Jezero Doiranis Napravljeno je od slane vode, ali kada iz nekog razloga ne komunicira s morem, počinje biti slatkovodno jezero zbog komunikacije koju ima s podzemnom vodom.
Na rubu kanjona Godine postoje dva jezera sa stalnim vodama, na nadmorskoj visini od 2.000 metara, kažu da su tajna planina. U tim jezerima žive alpski Triturus, mali epirski zmajevi. Istočno od zaliva Nestos nalaze se jezera Zistonis. Na ušću Alfiósa nalazi se jezero Aqulinitsa. Pored grada Agrínion nalazi se jezero Trikhonis, nalazi se između planina na sjeveru zaljeva Patras.