Druga važna crkva u Lisabonu je crkva Sveti Anthony (Igreja de Santo António de Lisboa) koja je posvećena svetom Antoniju Lisabonskom, poznatom u čitavom kršćanskom svijetu kao Sveti Antun Padovanski. Prema tradiciji, crkva je sagrađena na mjestu gdje je svetac rođen 1195. godine.
Istorija govori da je Fernando de Bulhões, sveti Antonije, rođen u Lisabonu 1195. godine, sin bogate porodice. 1220. godine, dok je studirao u Coimbri, ušao je u franjevački red, usvojivši ime Antonio. Njegova misionarska putovanja vodila bi ga u Italiju, gdje se nastanio u Padovi. Zbog svoje ogromne popularnosti, proglašen je svetim manje od godinu dana nakon smrti, 1232. godine.
Mjesto porodične kuće u kojoj je Fernando rođen, smješteno u neposrednoj blizini Lisabonske katedrale, pretvoreno je u malu kapelu u 15. stoljeću. Ova rana zgrada, od koje ništa nije ostalo, obnovljena je u 16. stoljeću, za vrijeme vladavine Kralj Manuel I.
1730. godine, za vladavine Ivana V, crkva je obnovljena i preuređena. U potresu u Lisabonu 1755. godine crkva Santo António je uništena, a još uvijek je stajala samo glavna kapela. Potpuno je obnovljen nakon 1767. godine po barokno-rokoko projektu arhitekte Mateusa Vicentea de Oliveire. Ovo je crkva koju danas možemo posjetiti.
Od 1755. povorka napušta crkvu svakog 13. juna, prolazi pored Lisabonske katedrale i prolazi obroncima susjedstva Alfama u blizini.
Treba napomenuti da je 12. maja 1982. godine crkvu posjetio papa Ivan Pavao II. Tada je na trgu ispred crkve svečano otvoren kip Svetog Antuna (kipara Soaresa Branca) koji se molio u kripti koja označava mjesto rođenja sveca.
