Una altra de les importants esglésies de Lisboa és la de Sant Antoni (Església de Sant António de Lisboa) que està dedicada a Sant Antoni de Lisboa, més conegut arreu del món cristià com Sant Antoni de Pàdua. Segons la tradició, l'església va ser construïda en el lloc on va néixer el sant, en 1195.
La història relata que Fernando d'Bulhõés, Sant Antoni, va néixer a Lisboa el 1195, fill d'una família acomodada. En 1220, mentre estudiava a Coimbra, va entrar en l'Ordre Franciscana, adoptant el nom d'Antonio. Els seus viatges missioners ho portaria a Itàlia, on es va establir a Pàdua. A causa de la seva immensa popularitat, va ser canonitzat menys d'un any després de la seva mort, en 1232.
El lloc de la casa familiar on va néixer Ferran, ubicat molt a prop de la Catedral de Lisboa, es va convertir en una petita capella al segle 15. Aquest edifici de principis, de la qual no queda res, va ser reconstruïda al segle 16, durant el regnat de rei Manuel I.
En 1730, sota el regnat de Joan V, l'església va ser reconstruïda i redecorada. En el terratrèmol de Lisboa de 1755 l'església Sant António va ser destruït, i només la capella major en peu. Va ser reconstruïda completament després de 1767 a un disseny d'estil barroc-rococó per l'arquitecte Mateus Vicente d'Oliveira. Aquesta és l'església que es pot visitar avui dia.
Des de 1755 una processó surt de l'església tots els 13 de juny, passa per la Catedral de Lisboa i passa pels vessants de barri d'Alfama, a l'hotel.
Cal destscar que el 12 de maig de 1982, el Papa Joan Pau II va visitar l'església. Després es va inaugurar una estàtua de Sant Antoni (per l'escultor Soares Blanc) a la plaça que està davant de l'església i va resar a la cripta, que marca el lloc on va néixer el sant.
