Teine oluline Lissaboni kirik on Püha Anthony (Igreja de Santo António de Lisboa), mis on pühendatud Lissaboni Püha Antoniusele, keda kogu kristlikus maailmas tuntakse rohkem kui Padua Püha Antoniust. Traditsiooni kohaselt ehitati kirik pühaku sünnikohta, 1195. aastal.
Ajalugu näitab, et Saint Anthony Fernando de Bulhões sündis 1195. aastal Lissabonis, jõuka pere pojana. 1220. aastal astus ta Coimbras õppides frantsiskaani ordeni, võttes kasutusele Antonio nime. Misjonireisid viisid ta Itaaliasse, kus ta asus elama Padovasse. Tohutu populaarsuse tõttu kuulutati ta pühakuks vähem kui aasta pärast tema surma, 1232. aastal.
Lissaboni katedraali lähedal asuv perekodu, kus sündis Fernando, muudeti 15. sajandil väikeseks kabeliks. See varajane hoone, millest pole midagi alles, ehitati 16. sajandil, valitsusajal uuesti üles. Kuningas Manuel I
1730. aastal, Johannes V valitsuse ajal, ehitati kirik uuesti üles ja sisustati. 1755. aastal Lissabonis toimunud maavärinas hävis Santo António kirik ja seisis veel ainult peakabel. See ehitati pärast 1767. aastat täielikult arhitekt Mateus Vicente de Oliveira barokk-rokokoo kujundusele. See on kirik, mida saab täna külastada.
Alates 1755. aastast lahkub kirik igal 13. juunil kirikust, möödub Lissaboni katedraalist ja läbib läheduses asuva Alfama naabruse nõlvad.
Tuleb märkida, et 12. mail 1982 külastas kirikut paavst Johannes Paulus II. Siis pühitseti kirikuesisel väljakul Püha Antoniuse kuju (skulptor Soares Branco) ja palvetati krüptis, mis tähistab pühaku sünnikohta.
