Un'altra delle chiese importanti di Lisbona è quella di Santo Antonio (Igreja de Santo António de Lisboa) che è dedicata a Sant'Antonio di Lisbona, meglio conosciuto nel mondo cristiano come Sant'Antonio da Padova. Secondo la tradizione, la chiesa fu edificata nel luogo in cui nacque il santo, nel 1195.
La storia racconta che Fernando de Bulhões, Sant'Antonio, nacque a Lisbona nel 1195, figlio di una famiglia benestante. Nel 1220, mentre studiava a Coimbra, entrò nell'Ordine Francescano, assumendo il nome di Antonio. I suoi viaggi missionari lo porteranno in Italia, dove si stabilirà a Padova. A causa della sua immensa popolarità, fu canonizzato meno di un anno dopo la sua morte, nel 1232.
Il sito della casa di famiglia dove nacque Fernando, situato molto vicino alla Cattedrale di Lisbona, fu trasformato in una piccola cappella nel XV secolo. Questo antico edificio, di cui non rimane nulla, fu ricostruito nel XVI secolo, durante il regno di Re Manuel I.
Nel 1730, sotto il regno di Giovanni V, la chiesa fu ricostruita e ridecorata. Nel terremoto di Lisbona del 1755 la chiesa di Santo António fu distrutta e solo la cappella principale era rimasta in piedi. Fu completamente ricostruito dopo il 1767 su progetto barocco-rococò dell'architetto Mateus Vicente de Oliveira. Questa è la chiesa che può essere visitata oggi.
Dal 1755 una processione lascia la chiesa ogni 13 giugno, passa per la Cattedrale di Lisbona e attraversa le pendici del quartiere Alfama, nelle vicinanze.
Va notato che il 12 maggio 1982, Papa Giovanni Paolo II ha visitato la chiesa. Poi una statua di Sant'Antonio (dello scultore Soares Branco) è stata inaugurata nel piazzale antistante la chiesa e pregata nella cripta, che segna il luogo di nascita del santo.
