בתוך הגיאוגרפיה המגוונת של האי בולטים אינספור נהרותיו המהווים מוקד משיכה של חובבי הטבע.
במובן זה, ה נהר אלמנדרס , שהוא יובל של 45 ק"מ בחלקה המערבי של קובה. מקורו במזרח טאפסטה וזורם מצפון-מערב למיצרי פלורידה. הנהר משמש כמקור מים להוואנה.
יש לציין כי ישנם מספר מפעלי תעשייה הנמצאים על גדות הנהר (בתי חרושת לנייר, מפעלי ייצור גז, מבשלות בירה, מפעלי ייצור מזון, מפעלי בנייה). האזור הופך לנווה מדבר ירוק עם מגרש משחקים, מספר מסעדות, שבילי הולכי רגל.
אטרקטיבי הוא גם נהר קאוטו, הממוקם בדרום מזרח קובה, וזהו הנהר הארוך ביותר בקובה. הוא זורם באורך כולל של 230 ק"מ מסיירה מאסטרה במערב ובצפון מערב, ונכנס לצפון הים הקריבי ממנזנילו. עם זאת, הוא מספק רק 370 מייל (70 ק"מ) של תחבורה מהדרך.
הוא חוצה את הפרובינציות סנטיאגו דה קובה וגרנמה, והקהילות פלמה סוריאנו, כריסטו דה ריו קאוטו וקאוטו ממוקמות לאורך הנהר. זהו אחד משני הנהרות הניווטים בקובה. השני נקרא Sagua la Grande.
לבסוף, נהר טואה, הוא נהר הממוקם במחוז גואנטנמו דה קובה. הוא זורם דרך המדינה ואורכו 131 קילומטר ויש לו 72 יובלים. נהר הטואה ידוע במימיו הצלולים.
אגן נהר הטואה משתרע על פני 1,061 קמ"ר (0.410 מ"ר), ושיפוע ממוצע של 260 מטר (850 רגל). היא תופסת כ -70% משמורת הביוספרה Cuchillas del Toa. האזור סביב הנהר הוא ביתם של צמחים ובעלי חיים אנדמיים רבים, כולל לפחות 1000 מיני פרחים ו -145 מיני שרכים.
ישנם מינים בסכנת הכחדה, כגון הטוקורורו (שהוא גם הציפור הלאומית של קובה) והנזים, הם גם נמנים עם בעלי החיים באזור זה.