אחת הכנסיות החשובות בליסבון היא זו של אנתוני הקדוש (Igreja de Santo António de Lisboa) המוקדש לאנטוניוס הקדוש מליסבון, הידוע יותר ברחבי העולם הנוצרי בשם אנתוני הקדוש מפדובה. על פי המסורת, הכנסייה נבנתה במקום בו נולד הקדוש, בשנת 1195.
ההיסטוריה מספרת כי פרננדו דה בולוחס, אנתוני הקדוש, נולד בליסבון בשנת 1195, בן למשפחה עשירה. בשנת 1220, בעת לימודיו בקוימברה, הוא נכנס למסדר הפרנציסקני, ואימץ את שמו של אנטוניו. מסעותיו המיסיונריים ייקחו אותו לאיטליה, שם התיישב בפדובה. בשל הפופולריות העצומה שלו, הוא הועלה לקאוניזציה פחות משנה לאחר מותו, בשנת 1232.
האתר של בית המשפחה בו נולד פרננדו, שנמצא קרוב מאוד לקתדרלת ליסבון, הפך למאה ה -15 לקפלה קטנה. בניין מוקדם זה, שלא נותר ממנו דבר, נבנה מחדש במאה ה -16, בתקופת שלטונו המלך מנואל הראשון.
בשנת 1730, בתקופת שלטונו של יוחנן החמישי, הכנסייה נבנתה מחדש ועוצבה מחדש. ברעידת האדמה של ליסבון בשנת 1755 נהרסה כנסיית סנטו אנטוניו, ורק הקפלה הראשית עדיין עמדה. הוא נבנה מחדש לאחר 1767 לעיצוב בארוק-רוקוקו על ידי האדריכל מטאוס ויסנטה דה אוליביירה. זו הכנסייה שאפשר לבקר בה היום.
מאז 1755 תהלוכה יוצאת מהכנסייה בכל 13 ביוני, עוברת את קתדרלת ליסבון ועוברת במורדות שכונת אלפמה, בסביבה.
יש לציין כי ב- 12 במאי 1982 ביקר האפיפיור יוחנן פאולוס השני בכנסיה. ואז נחנך פסל של אנטוניוס הקדוש (מאת הפסל סוארס ברנקו) בכיכר מול הכנסייה והתפלל בקריפטה, המסמנת את המקום בו נולד הקדוש.
