למרות שהארכיפלג מורכב מיותר מ -7 אלף איים, ניתן לקבץ את הפיליפינים לשלוש קבוצות איים גדולות: לוזון, איי ויסאיה ואיי מינדנאו.
לאורך הארכת יותר מ -300 אלף הקילומטרים שלה, המדינה מאורגנת בשלוש הקבוצות הגדולות האלה שמביאות יחד קבוצה של מחוזות ויישובים חשובים, כמו מנינה או סבו. בתורו, כל קבוצה חייבת את שמה לאיים החשובים ביותר בכל אזור, כלומר לוזון, ויזות ומיינדנאובהתאמה.
שלושת האיים הללו הם המרכזים העיקריים של הפיליפינים ושם נמצאות הערים החשובות ביותר. מצפון לדרום, מינדנאו מונה כ -20 מיליון תושבים ובירתה, דבאו, היא אחת הערים הבולטות במדינה. במרכז הארכיפלג נמצא הוויזאיה, אי המונה כ -15 מיליון תושבים, רבים מהם עם בתיהם בסבו, בירת האי. לבסוף, יש את האי לוזון, שם הוא ממוקם מנילה, בירת המדינה, כמו גם עיר קזון, שהיא העיר עם מדד האוכלוסין הגבוה ביותר בפיליפינים. האי הזה, כמו גם גיבור בתכנית הגיאוגרפית, הוא המאוכלס ביותר במדינה.
השונה אזורים בפיליפינים הם מציעים נוף שונה ובעל עניין תיירותי רב, אולם הערים החשובות ביותר בכל אזור מושכות את מירב תשומת הלב, בהיותן הפופולריות ביותר על ידי תיירים מרחבי העולם. בין ה הערים החשובות ביותר בפיליפינים הם קלמבה, לגונה, לגאזפי, קורונדל, קוטאבטו דל סור, לייט, קוטבטו, לאפו לאפו וקורדובה.