ממזרח לארכיפלג, בדיוק בלב הים הפיליפיני, באוקיאנוס השקט, נמצא מה שמכונה תעלה פיליפינית, שקע באוקיאנוס שבולט מעל השאר בעומקו.
ידוע גם בשם תעלת מינדנאו, בשל קרבתו לחוף המזרחי של ארצות הברית האי מינדנאו, קבר זה נולד כתוצאה מ תהליך סובדוקציה שקורה כששתי לוחות טקטוניים מתנגשים ואחד צולל מתחת לשני.
התעלה באורך של 1320 ק"מ ורוחבה קרוב ל -30 ק"מ, והיא משתרעת ממרכז האי לוזון מצפון למולוקות, כבר בארכיפלג האינדונזי. ליד התעלה נמצאת תעלת מזרח לוזון, המופרדת על ידי מישור בנהם.
תעלת הפיליפינים היא אחת מתעלות האוקיאנוס העמוקות ביותר בעולם, להגיע לנקודה העמוקה ביותר שלה עומק גלתיאה- 10.540 מטר.
אין ספק שלפיליפינים יש אטרקציות גיאוגרפיות רבות ותעלה ענקית זו היא אחת מהן, שקע שנחקר רבות על ידי גיאולוגים ופיזיקאים בשל מאפייניו.