El Santuario Sintoísta es una estructura cuya finalidad principal es utilizada para la custodia de los objetos sagrados, y no para el culto. Aunque sólo una palabra («santuario») se utiliza en inglés, en japonés, los santuarios sintoístas puede llevar a cualquiera de los muchos términos diferentes, no equivalentes, como gongen,-gu, jinja, Jingu, mori, Myojin, Taisha, ubisuna o Yashiro.
Estructuralmente, un santuario se caracteriza generalmente por la presencia de un honden o santuario, donde se consagra a los kami. El honden Sin embargo, puede estar completamente ausente, como por ejemplo, cuando el santuario se encuentra en una montaña sagrada a la que que se dedica, y que es objeto de culto directamente.
El honden puede faltar también cuando no están cerca las estructuras de altar, llamado himorogi u objetos creía capaz de atraer espíritus yorishiro llamada que puede servir como un vínculo más directo a un kami. Puede haber un haiden y otras estructuras.
A los antuarios en miniatura se les lama hokora ocasionalmente que se puede encontrar en el lado de las calles. Los Santuarios grandes a veces tienen en sus recintos santuarios en miniatura llamado sessha o massha. Los santuarios portátiles llevados por los fieles en los polos durante los festivales (matsuri) y mikoshi llama en realidad consagrar un kami y por lo tanto cierto santuarios.