Į metai 1653, patriarchas Nikonas įsakė pastatyti ištaigingą rezidenciją, po trejų metų pastatas buvo skirtas apaštalui Pilypui ir tapo žinomas kaip Dvylikos apaštalų bažnyčia. Nikonas norėjo konkuruoti su caru autoriteto, moralės, politikos ir religijos prasme, todėl jis pavedė pastatyti impozantišką rezidenciją pačiame tvirtovės centre (Kremlius).
Pagrindinis kambarys buvo labai erdvus ir formos kaip kryžius. Jis buvo naudojamas dienos metu dideliems banketams, kuriuose „Nikon“ buvo pagrindinė figūra. Šiandien jis naudojamas kaip taikomosios dailės muziejus ir yra vienas iš labiausiai lankomų Maskvos miesto lankytojų.
Dėl savo vietos Bažnyčia savo populiarumu ir svarba konkuruoja su netoliese esančiomis XV amžiaus katedromis, jos dviem arkomis galima patekti į Katedros aikštę, o lubose yra 5 kupolai, atspindintys tradicinius „Nikon“ skonius, pasiryžę paryškinkite Bizantijos bažnyčios rasę.
Į 1917 revoliucija, Dvylikos apaštalų bažnyčia buvo stipriai apgadintas, dėl to buvo prarasta daug freskų, bet vis dar šiandien vis dar atrakcija aplankyti Maskvoje.