Vēl viena no nozīmīgākajām Lisabonas baznīcām ir Svētais Antonijs (Igreja de Santo António de Lisboa), kas ir veltīts Lisabonas svētajam Antonijam, kurš visā kristīgajā pasaulē plašāk pazīstams kā svētais Padujas Antonijs. Pēc tradīcijas baznīca tika uzcelta vietā, kur dzimis svētais, 1195. gadā.
Vēsture vēsta, ka Fernando de Bulhess, svētais Antonijs, dzimis Lisabonā 1195. gadā, turīgas ģimenes dēls. 1220. gadā, studējot Koimbrā, viņš iestājās Franciskāņu ordenī, pieņemot Antonio vārdu. Misionāru ceļojumi viņu aizvedīs uz Itāliju, kur viņš apmetās Padujā. Pateicoties milzīgajai popularitātei, viņš tika kanonizēts mazāk nekā gadu pēc nāves, 1232. gadā.
Ģimenes mājas, kurā dzimis Fernando, atrašanās vieta, kas atrodas ļoti tuvu Lisabonas katedrālei, 15. gadsimtā tika pārveidota par nelielu kapelu. Šī agrīnā ēka, no kuras nekas nav palicis, tika pārbūvēta 16. gadsimtā, valdīšanas laikā. Karalis Manuels I.
1730. gadā, Jāņa V valdīšanas laikā, baznīca tika pārbūvēta un atjaunota. Lisabonas 1755. gada zemestrīcē Santo António baznīca tika sagrauta, un joprojām stāvēja tikai galvenā kapela. Pēc 1767. gada to pilnībā pārbūvēja pēc arhitekta Mateus Visente de Oliveira baroka-rokoko dizaina. Šī ir baznīca, kuru var apmeklēt šodien.
Kopš 1755. gada gājiens katru gadu no 13. jūnija atstāj baznīcu, iet garām Lisabonas katedrālei un iet cauri apkārtnes Alfamas nogāzēm.
Jāatzīmē, ka 12. gada 1982. maijā pāvests Jānis Pāvils II apmeklēja baznīcu. Tad laukumā pie baznīcas tika atklāta Svētā Antonija statuja (tēlnieks Soares Branco) un lūdza to kriptā, kas apzīmē vietu, kur svētais dzimis.
