Daudzveidīgajā salas ģeogrāfijā izceļas tās neskaitāmās upes, kas piesaista dabas mīļotājus.
Šajā ziņā Almendares upe , kas ir 45 km pieteka Kubas rietumu daļā. Tas cēlies no Tapastes austrumiem un ieplūst ziemeļrietumos Floridas šaurumā. Upe darbojas kā ūdens avots Havannai.
Jāatzīmē, ka upes krastos atrodas vairākas rūpnīcas (papīrfabrikas, gāzes ražošanas rūpnīcas, alus darītavas, pārtikas ražošanas rūpnīcas, celtniecības rūpnīcas). Teritorija kļūst par zaļu oāzi ar rotaļu laukumu, vairākiem restorāniem, gājēju celiņiem.
Arī pievilcīgs ir Cauto upe, kas atrodas Kubas dienvidaustrumos un kura ir garākā Kubas upe. Tas plūst no Jūras Maestras uz rietumiem un ziemeļrietumiem 230 km kopgarumā un no Manzanillo ieplūst Karību jūras ziemeļu daļā. Tomēr tas nodrošina tikai 370 jūdžu (70 km) ūdensceļu transportu.
Tas šķērso Santjago de Kubas un Granmas provinces, un pie upes atrodas Palma Soriano, Cristo de Río Cauto un Cauto kopienas. Tā ir viena no divām kuģojamām upēm Kubā. Otru sauc par Sagua la Grande.
Visbeidzot, Toas upe, ir upe, kas atrodas Gvantanamo de Kubas provincē. Tas plūst cauri valstij un ir 131 kilometru garš, un tajā ir 72 pietekas. Toas upe ir labi pazīstama ar kristāldzidriem ūdeņiem.
Toas upes baseins aptver 1,061 kvadrātkilometru (0.410 kvadrātjūdzes), un tā vidējais slīpums ir 260 metri (850 pēdas). Tas aizņem apmēram 70% no Kukiljas del Toa biosfēras rezervāta. Teritorija ap upi ir mājvieta daudzām endēmiskām florām un faunām, tostarp vismaz 1000 ziedu sugām un 145 papardes sugām.
Ir sugas, kurām draud izmiršana, piemēram, Tocororo (kas ir arī Kubas nacionālais putns) un vanags, tās ir arī šīs teritorijas faunas pārstāvji.