Hari ini kira-kira 90 juta orang menganggap diri mereka sendiri buddhist di Jepun. Agama Buddha diimport ke Jepun melalui China dan Korea dalam bentuk hadiah dari kerajaan Korea, Kudara (Paikche) pada abad ke-6. Walaupun agama Buddha diterima dengan baik oleh golongan bangsawan yang berkuasa sebagai agama negara Jepun yang baru, namun agama ini tidak pada awalnya menyebar di kalangan masyarakat umum, kerana teorinya yang kompleks.
Terdapat juga beberapa konflik awal dengan Shinto, agama asli Jepun. Kedua agama yang tidak lama lagi dapat hidup berdampingan, malah saling melengkapi. Semasa Zaman Nara, biara-biara Buddha yang hebat di ibu kota Nara, seperti Todaiji, mendapat pengaruh politik yang kuat dan menjadi salah satu sebab pemerintah memindahkan ibu kota ke Nagaoka pada tahun 784 dan kemudian ke Kyoto pada tahun 794.
Walau bagaimanapun, masalah biara-biara yang bercita-cita politik dan militan tetap menjadi masalah utama bagi pemerintah sepanjang sejarah Jepun selama berabad-abad. Pada masa awal Heian, dua mazhab Buddha baru diperkenalkan dari China: the Mazhab Tendai pada tahun 805 oleh Saicho dan the mazhab shingon pada tahun 806 oleh Kukai. Lebih banyak mazhab kemudian berpisah dengan mazhab Tendai. Antaranya, yang paling penting disebutkan di bawah:
1175 dalam Mazhab Jodo (Sekte Tanah Murni) diasaskan oleh Honen. Dia menemukan pengikut di antara kelas sosial yang berbeza kerana teorinya sederhana dan berdasarkan prinsip bahawa setiap orang dapat mencapai keselamatan dengan kekuatan percaya pada Buddha Amida.
Dan pada tahun 1191, yang Mazhab Zen Ia diperkenalkan dari China. Teorinya yang rumit sangat digemari oleh anggota kelas tentera. Menurut ajaran Zen, seseorang dapat mencapai pencerahan diri melalui meditasi dan disiplin. Hari ini, Zen nampaknya menikmati populariti yang lebih besar di luar negara berbanding di Jepun.
Terdapat juga Mazhab Nichiren, diasaskan oleh Nichiren pada tahun 1253. Mazhab ini luar biasa kerana sikapnya yang tidak bertoleransi terhadap mazhab Buddha yang lain. Buddhisme Nichiren masih mempunyai jutaan pengikutnya hari ini, dan beberapa "agama baru" didasarkan pada ajaran Nichiren.