Tegenwoordig beschouwen ongeveer 90 miljoen mensen zichzelf boeddhisten in Japan. Het boeddhisme werd via China en Korea in Japan geïmporteerd in de vorm van een geschenk van het Koreaanse vriendschapskoninkrijk Kudara (Paikche) in de 6e eeuw. Hoewel het boeddhisme door de heersende edelen gunstig werd onthaald als de nieuwe staatsgodsdienst van Japan, had het zich aanvankelijk niet onder het gewone volk verspreid vanwege zijn complexe theorieën.
Er waren ook enkele aanvankelijke conflicten met Shinto, de inheemse religie van Japan. De twee religies die al snel naast elkaar konden bestaan, en elkaar zelfs konden aanvullen. Tijdens de Nara-periode kregen de grote boeddhistische kloosters in de hoofdstad van Nara, zoals Todaiji, een sterke politieke invloed en waren een van de redenen voor de regering om de hoofdstad in 784 naar Nagaoka en vervolgens in 794 naar Kyoto te verplaatsen.
Toch blijft het probleem van politiek ambitieuze en militante kloosters gedurende vele eeuwen van Japanse geschiedenis een groot probleem voor regeringen. Tijdens de vroege Heian-periode werden vanuit China twee nieuwe boeddhistische sekten geïntroduceerd: de Tendai sekte in het jaar 805 door Saicho en de sekte Shingon in 806 door Kukai. Later gingen meer sekten uit elkaar met de Tendai-sekte. Hieronder worden de belangrijkste genoemd:
1175 in de Jodo sekte (Pure Land-sekte) werd opgericht door Honen. Hij vond volgelingen onder de verschillende sociale klassen, aangezien zijn theorieën eenvoudig waren en gebaseerd op het principe dat iedereen verlossing kan bereiken door te geloven in Amida Boeddha.
En in 1191, de Zen sekte Het werd geïntroduceerd vanuit China. Zijn ingewikkelde theorieën waren vooral populair bij leden van de militaire klasse. Volgens Zen-leringen kan men zelfverlichting bereiken door meditatie en discipline. Tegenwoordig lijkt zen in het buitenland een grotere populariteit te genieten dan in Japan.
Er is ook de Nichiren sekte, opgericht door Nichiren in 1253. De sekte was uitzonderlijk vanwege haar onverdraagzaamheid tegenover andere boeddhistische sekten. Het Nichiren-boeddhisme heeft tegenwoordig nog steeds vele miljoenen volgers, en verschillende "nieuwe religies" zijn gebaseerd op Nichiren's leringen.