W 1653 rok, patriarcha Nikon zarządził budowę okazałej rezydencji, trzy lata później budynek został poświęcony apostołowi Filipowi i stał się znany jako Kościół Dwunastu Apostołów. Nikon chciał konkurować z carem pod względem władzy, moralności, polityki i religii, dlatego zlecił budowę imponującej rezydencji w samym centrum twierdzy (Kreml).
Główna sala była bardzo przestronna i miała kształt krzyża, wykorzystywano ją w ciągu dnia do organizacji dużych bankietów, na których główną postacią był Nikon. Dziś służy jako muzeum sztuki użytkowej i jest jednym z najczęściej odwiedzanych przez odwiedzających Moskwę.
Ze względu na swoje położenie kościół konkuruje popularnością i znaczeniem z XV-wiecznymi katedrami, które znajdują się w niewielkiej odległości, jego dwa łuki umożliwiają dostęp do Placu Katedralnego, a jego sufit ma 5 kopuł, które reprezentują tradycyjne gusta Nikona, zdeterminowanego, aby podkreśl bizantyjską rasę kościoła.
W Rewolucja 1917był Kościół Dwunastu Apostołów poważnie uszkodzony, z tego powodu wiele malowideł zostało utraconych, ale nadal wciąż atrakcją odwiedzić w Moskwie.