Hoje, cerca de 90 milhões de pessoas se consideram budistas no Japão. O budismo foi importado para o Japão através da China e da Coréia na forma de um presente do reino coreano de amizade Kudara (Paikche) no século VI. Embora o budismo tenha sido recebido favoravelmente pelos nobres governantes como a nova religião oficial do Japão, ele não se espalhou inicialmente entre as pessoas comuns, devido às suas teorias complexas.
Houve também alguns conflitos iniciais com o Xintoísmo, a religião nativa do Japão. As duas religiões que logo puderam coexistir e até se complementar. Durante o Período Nara, os grandes mosteiros budistas da capital Nara, como Todaiji, ganharam forte influência política e foram um dos motivos para o governo mudar a capital para Nagaoka em 784 e depois para Kyoto em 794..
No entanto, o problema dos mosteiros politicamente ambiciosos e militantes continua sendo uma questão importante para os governos ao longo de muitos séculos de história japonesa. Durante o início do período Heian, duas novas seitas budistas foram introduzidas da China: a Seita tendai no ano 805 por Saicho e a seita Shingon em 806 por Kukai. Mais seitas mais tarde se separaram da seita Tendai. Entre eles, os mais importantes são mencionados abaixo:
Em 1175, o Seita Jodo (Seita Terra Pura) foi fundada por Honen. Ele encontrou seguidores entre as diferentes classes sociais, uma vez que suas teorias eram simples e baseadas no princípio de que todos podem alcançar a salvação pela força de acreditar no Buda Amida.
E em 1191, o Seita zen Foi introduzido na China. Suas teorias complicadas eram especialmente populares entre os membros da classe militar. De acordo com os ensinamentos Zen, pode-se alcançar a auto-iluminação por meio da meditação e da disciplina. Hoje, o Zen parece gozar de maior popularidade no exterior do que no Japão.
Há também o Seita Nichiren, fundada por Nichiren em 1253. A seita foi excepcional devido à sua atitude de intolerância para com outras seitas budistas. O budismo de Nitiren ainda tem muitos milhões de seguidores hoje, e várias "novas religiões" são baseadas nos ensinamentos de Nitiren.