O altă dintre bisericile importante din Lisabona este cea a Sfântul Antonie (Igreja de Santo António de Lisboa) care este dedicată Sfântului Antonie de Lisabona, mai bine cunoscut în întreaga lume creștină sub numele de Sfântul Antonie de Padova. Conform tradiției, biserica a fost construită în locul în care s-a născut sfântul, în 1195.
Istoria relatează că Fernando de Bulhões, Sfântul Antonie, s-a născut la Lisabona în 1195, fiul unei familii înstărite. În 1220, în timp ce studia la Coimbra, a intrat în Ordinul franciscan, adoptând numele de Antonio. Călătoriile sale misionare îl vor duce în Italia, unde s-a stabilit la Padova. Datorită imensei sale popularități, a fost canonizat la mai puțin de un an de la moartea sa, în 1232.
Locul casei familiale unde s-a născut Fernando, situat foarte aproape de Catedrala din Lisabona, a fost transformat într-o mică capelă în secolul 15. Această clădire timpurie, din care nu mai rămâne nimic, a fost reconstruită în secolul al XVI-lea, în timpul domniei Regele Manuel I.
În 1730, sub domnia lui Ioan al V-lea, biserica a fost reconstruită și redecorată. În cutremurul de la Lisabona din 1755, biserica Santo António a fost distrusă și doar capela principală a rămas în picioare. A fost complet reconstruită după 1767, după un design baroc-rococo al arhitectului Mateus Vicente de Oliveira. Aceasta este biserica care poate fi vizitată astăzi.
Din 1755 o procesiune părăsește biserica în fiecare 13 iunie, trece de Catedrala din Lisabona și trece prin versanții cartierului Alfama, în vecinătate.
Trebuie remarcat faptul că pe 12 mai 1982, Papa Ioan Paul al II-lea a vizitat biserica. Apoi, o statuie a Sfântului Antonie (a sculptorului Soares Branco) a fost inaugurată în piața din fața bisericii și s-a rugat în criptă, care marchează locul în care s-a născut sfântul.
