Ďalším z dôležitých kostolov v Lisabone je kostol sv Svätý Anton (Igreja de Santo António de Lisboa), ktorá je zasvätená svätému Antonínovi z Lisabonu, ktorý je v kresťanskom svete známejší ako Svätý Anton Paduánsky. Podľa tradície bol kostol postavený na mieste, kde sa narodil svätý, v roku 1195.
História hovorí, že Fernando de Bulhões, svätý Anton, sa narodil v Lisabone v roku 1195, syn zámožnej rodiny. V roku 1220, keď študoval v Coimbre, vstúpil do františkánskeho rádu a prijal meno Antonio. Jeho misijné cesty ho zaviedli do Talianska, kde sa usadil v Padove. Pre svoju nesmiernu popularitu bol kanonizovaný necelý rok po svojej smrti, v roku 1232.
Miesto rodinného domu, kde sa narodil Fernando, ktorý sa nachádza veľmi blízko lisabonskej katedrály, sa v 15. storočí zmenilo na malú kaplnku. Táto prvotná budova, z ktorej nič nezostalo, bola prestavaná v 16. storočí, za vlády Kráľ Manuel I.
V roku 1730, za vlády Jána V., bol kostol prestavaný a vyzdobený. Pri zemetrasení v Lisabone v roku 1755 bol kostol Santo António zničený a zostala stáť iba hlavná kaplnka. Po roku 1767 bol kompletne prestavaný podľa barokovo-rokokového návrhu architekta Mateusa Vicente de Oliveira. Toto je kostol, ktorý je dnes možné navštíviť.
Od roku 1755 procesia opúšťa kostol vždy 13. júna, prechádza okolo lisabonskej katedrály a prechádza cez svahy susednej oblasti Alfama.
Je potrebné poznamenať, že 12. mája 1982 navštívil kostol pápež Ján Pavol II. Potom bola na námestí pred kostolom slávnostne otvorená socha svätého Antona (od sochára Soaresa Branca) a modlila sa v krypte, ktorá označuje miesto, kde sa svätý narodil.
